Sinds 1978 werken Denemarken, Duitsland en Nederland samen aan de bescherming en het beheer van de Waddenzee en waarborgen daarmee haar natuurlijke eenheid over de grenzen heen. Bijna de gehele Waddenzee heeft de status van nationaal park of beschermd natuurgebied.

Veel vissoorten in de Waddenzee zijn seizoengasten uit de Noordzee. Andere gebruiken de Waddenzee als doortrekgebied op hun tocht van de zee naar de rivieren, als een belangrijke kraamkamer of als een paaigebied. Ongeveer 20 vissoorten brengen hun hele leven in de Waddenzee door en verlaten het getijdengebied alleen tijdens heel koude winters.

Het Werelderfgoed Waddenzee trekt elk jaar zo’n 10 miljoen gasten, met 50 miljoen overnachtingen; daarnaast komen er 30 à 40 miljoen dagtoeristen per jaar.

Het eiland Neuwerk, deel van het Nationaal Park Hamburgisches Wattenmeer, is het enige bewoonde gebied binnen de grenzen van het Waddenzee Werelderfgoed. Het eiland telt slechts 25 inwoners.

Ongeveer 3,75 miljoen mensen wonen op het vasteland langs de Waddenzee. Nog eens 75.000 mensen wonen op de eilanden.

Regelmatig uitgevoerde tellingen van 31 soorten broedvogels leverde 469.000 broedende paartjes op. Dit duidt op een ruime beschikbaarheid van voedsel en goede natuurlijke mogelijkheden om te broeden. Van 6 vogelsoorten broedt meer dan 25% van de hele populatie van Noordwest-Europa in de Waddenzee.

Kwelders zijn belangrijke gebieden voor de flora, fauna en biodiversiteit van de Waddenzee. Ze herbergen een ongelooflijke rijkdom aan insecten en spinnen die afhankelijk zijn van de specifieke kweldervegetatie.

werden in de zomer van 2020 op de zandplaten van de Waddenzee geteld - een gestaag toenemend aantal sinds het begin van de Waddenzee-brede tellingen in 1975. De totale populatie wordt op 41.700 dieren geschat.

De Waddenzee biedt een enorme verscheidenheid aan diersoorten vergeleken met andere wetlands langs de kust; hier leven meer dan 10.000 soorten. De beschikbaarheid van voedsel en de geringe verstoring zijn essentiële factoren die maken dat trekkende soorten kunnen overleven. De biodiversiteit van de hele wereld is afhankelijk van de Waddenzee.

zijn ​in de laatste decennia ontstaan, de Kachelotplate (170 ha) nabij de Nedersaksische eilanden Memmert en Juist, en een nieuw eiland van ongeveer 14 ha op de Norderoogsand in Sleeswijk-Holstein. Deze eilanden zijn ontstaan uit groeiende zandplaten die tijdens hoogwater niet meer overspoeld werden en waarop zich als gevolg ervan planten hebben kunnen vestigen. Maar er zijn ook verliezen, hele zandplaten zijn verdwenen. Dit illustreert de hoge dynamiek waarmee natuurlijke processen in de Waddenzee plaatsvinden.